Образованием Иоанна занимались лучшие риторы и философы.
После кончины матери ничто не удерживало Иоанна в миру и он принял иночество. За усердие и труды, обладание знаниями и умом ему предложили занять епископскую кафедру в архиерейском чине. Но богослов отказался от должности, предпочтя иной путь. Он удалился на четыре года в пустыню для написания богословских трудов. Приняв там обет полного молчания, Святой держал его два года. Только подорванное непосильно строгой аскезой здоровье вынудило Иоанна вернуться из уединения в Антиохию.
С 386 года Иоанна рукоположили пресвитером, в обязанности которого входили проповеди Слова Божьего, продолжавшиеся двенадцать лет. Именно в этот период Богослова окрестили Златоустом: послушать его проповеди, которые он порой читал ежедневно, собирались толпы прихожан. Все время Иоанн не прекращал писать богословские работы, поясняя Святое Писание, помогая разобраться несведущим, беседуя на страницах своих текстов с близкими по духу.
В 397 году скончался константинопольский епископ Нектарий и Иоанн Златоуст был вызван из Антиохии, чтобы занять вакантное место. Служение на новой кафедре Святой начал с преобразований. Но вскоре стал невольным участником конфликта, заступившись за семью опального консула перед императрицей. Масла в огонь добавил донос на Иоанна: якобы он оскорбил царственную особу. В результате его осудили и отправили в изгнание, но ненадолго. Испугавшись кары небесной, Евдоксия – супруга императора – вернула опального епископа.
Гораздо более серьезные последствия имело обвинение Иоанна в том, что он примкнул к последователям еретика Оригена. Это произошло, когда Богослов по доброте душевной приютил у себя опальных монахов-оригенистов. Тут не помогло даже заступничество папы Римского Иннокентия I: собор 404 года изгнал святителя Златоуста в небольшой армянский город Кукус. Оттуда он вел активную переписку с друзьями и своими последователями: до наших дней дошло 245 писем Святого.
Этого наказания противникам показалось мало. В 406 году из Армении, тяжело больного Иоанна погнали в иное место – город Пифиунт – современная Пицунда в Абхазии. До места назначения Святитель не доехал, скончавшись по дороге в Команах Понтийских 14 сентября 407 года. Он был захоронен рядом с местом упокоения святого Василиска.
В 438 году мощи Иоанна Златоуста переправили в Константинополь. Это произошло по инициативе Патриарха Прокла во время правления сына Евдоксии – императора Феодосия II. По преданию, когда глава церкви открыл крышку гроба, тело Святителя оказалось нетленным и благоухало. Воспользовавшись случаем, Феодосий попросил у Святителя прощения за свою мать.